NISN lahir tahun 2006 dibawah suatu
program besar Kemdikbud (saat itu masih kemdiknas) berjudul DAPODIK (Data Pokok
Pendidikan) yang secara singkat meliputi 4 (empat) penomoran unik individu
yaitu: NPSN untuk satuan pedidikan atau sekolah, NIGN (Nomor Induk Guru
Nasional) untuk guru yang kemudian bertransformasi menjadi NUPTK, NIDN untuk
Dosen, dan NISN untuk siswa.
Dalam sejarah perkembangannya, NISN (berikut Dapodik)
mengalami pengalihan tanggungjawab pengelolaan. Periode pertama adalah 2006 –
2011 yang kemudian disebut Dapodik 2006, NISN dikelola oleh Biro PKLN SetJend
Kemdiknas (PKLN=Perencanaan dan Kerja Sama Luar Negeri). Periode kedua adalah
periode 2012 hingga sekarang atau kita sebut saja DAPODIKDAS, dimana NISN
dikelola oleh PDSP. Sedangkan Dapodik dilimpahkan pada masing-masing Ditjend
sesuai tingkatan pendidikan. Sehingga saat ini ada 4 versi dapodik, yaitu:
Dapodikpaudni, Dapodikdas, Dapodikmen, dan Dapodikti (PDSS).
Pengalihan tanggungjawab pengelolaan NISN tersebut
menimbulkan beberapa masalah. Walaupun permasalahan tersebut pada akhirnya
mungkin tidak benar-benar merugikan siswa.
Namun walaupun NISN telah lahir sejak 9 tahun yang lalu,
akan tetapi Dipihak sekolah sendiri masih banyak yang belum aktif dalam masalah
NISN ini. Baik pada periode lama (Dapodik 2006) maupun pada periode DAPODIKDAS..
Padahal sejak tahun 2014 pihak PDSP telah mengeluarkan surat edaran terkait pentingnya NISN yang akan
di gunakan sebagai salah satu sarat pendafataran mahasiswa baru, dan syarat
tersebut masih berlaku sampai saat ini.